Įstatymo projekte numatyta, kad Viešųjų pirkimų ginčų nagrinėjimo komisija (toliau - Ginčų komisija) sudaroma iš 7 narių. Ginčų komisijos pirmininką ir jo narius skiria Vyriausybė. Ginčų komisijos nariu gali būti skiriamas asmuo, turintis teisės magistro kvalifikacinį laipsnį arba jį atitinkantį aukštąjį išsilavinimą ir ne mažesnį kaip 5 metų darbo stažą viešųjų pirkimų srityje.

Asociacijos nuomone, Ginčų komisijai teks nagrinėti ginčus iš įvairių ūkio sričių, todėl bus reikalingos specialios žinios. Todėl abejotina, ar pasiteisins įstatymo projekte siūlomas Ginčų komisijos sudarymo modelis, kai nėra įtraukiami įvairių sričių specialistai.

Asociacija siūlo įvertinti kitokį Ginčų komisijos sudarymo modelį, kuris artimesnis šiuo metu veikiančiam Darbo ginčų komisijos modeliui, kuomet narius deleguoja socialiniai partneriai iš įvairių sektorių, o nariai konkrečiam ginčui nagrinėti parenkami iš sąrašo pagal žinias atitinkamame sektoriuje.